Στο Τμήμα Γεωγραφίας του Πανεπιστημίου Αιγαίου λειτουργεί από το ακαδημαϊκό έτος 2005-2006 το
Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο: «Γεωγραφία και Εφαρμοσμένη Γεωπληροφορική» με τρεις Ειδικεύσεις.
Το ακαδημαϊκό έτος 2023-2024 θα λειτουργήσει μόνο η Ειδίκευση Γ’ Γεωπληροφορική, με ανανεωμένο πρόγραμμα σπουδών
Το Π.Μ.Σ. προσφέρει, στην υπηρεσία της επαγγελματικής αποκατάστασης των αποφοίτων του, τη γνώση και την εμπειρία του Τμήματος Γεωγραφίας στον τομέα της Εφαρμοσμένης Γεωπληροφορικής, συμβάλλοντας κατ’ επέκταση στη βελτίωση των υπηρεσιών που προσφέρονται στον πολίτη και στην κοινωνία, σε θεματικά πεδία όπως:
Χαρτογραφία, Γεωγραφικά Συστήματα Πληροφοριών (GIS), Τηλεπισκόπηση (Remote Sensing), Διαδίκτυο (Internet), Φυσικές Καταστροφές, Κλιματική Αλλαγή, Προστασία Περιβάλλοντος & Πολιτιστικής Κληρονομιάς, Εκπαίδευση & Έρευνα, Χωροταξικός & Πολεοδομικός Σχεδιασμός, Αστική & Περιφερειακή Πολιτική, Ανάπτυξη & Διαχείριση Υπαίθρου, Μετανάστευση και Γεωπολιτική