“Γεωγραφία και Εφαρμοσμένη Γεωπληροφορική”, από το 2005 (https://geography.aegean.gr/geoinformatics) NEO!
“Ανθρωπογεωγραφία, Ανάπτυξη και Σχεδιασμός του Χώρου”, από το 2014 (https://geography.aegean.gr/humangeography)
Το Δι-ιδρυματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών "Φυσικοί Κίνδυνοι και Αντιμετώπιση Καταστροφών", από το 2018 (https://hazards.aegean.gr), το οποίο υλοποιείται σε συνεργασία με το Τμήμα Γεωλογίας του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης, το Εθνικό Αστεροσκοπείο Αθηνών και το Τμήμα Περιβάλλοντος του Πανεπιστημίου Αιγαίου.
Το Τμήμα Γεωγραφίας συμμετέχει επίσης στα ακόλουθα Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ):
Το Δια-τμηματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών "Στρατηγική Διοίκηση Τουριστικών Προορισμών και Επιχειρήσεων Φιλοξενίας" του Πανεπιστημίου Αιγαίου, το οποίο υλοποιείται σε συνεργασία με το Τμήμα Διοίκησης Επιχειρήσεων, το Τμήμα Οικονομικής και Διοίκησης Τουρισμού και το Τμήμα Περιβάλλοντος του Πανεπιστημίου Αιγαίου. (http://tourism-pms.aegean.gr/)
Το Δι-ιδρυματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών "Παλαιοντολογία – Γεωβιολογία", το οποίο υλοποιείται σε συνεργασία με το Τμήμα Γεωλογίας και το Τμήμα Βιολογίας του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης, το Τμήμα Γεωλογίας και Γεω-περιβάλλοντος του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών και το Τμήμα Γεωλογίας του Πανεπιστημίου Πατρών. (http://www.geo.auth.gr/gr_postgrad_paleo.htm) ΕΚΔΗΛΩΣΗ ΕΝΔΙΑΦΕΡΟΝΤΟΣ 2019-2020