Ο ακαδημαϊκός στόχος του Πανεπιστημίου Αιγαίου είναι η χάραξη σύγχρονων κατευθύνσεων σε επιλεγμένα πεδία της επιστήμης, με κριτήριο την κοινωνική χρησιμότητα της παρεχόμενης γνώσης, την αντιστοιχία με τις ανάγκες της αγοράς εργασίας και τις διεθνείς τάσεις της επιστήμης στα αντικείμενα που θεραπεύει. Κύριο χαρακτηριστικό των Τμημάτων του είναι η ανάπτυξη νέων γνωστικών αντικειμένων, σε κατευθύνσεις που υπαγορεύονται από την εξέλιξη της ελληνικής, ευρωπαϊκής και παγκόσμιας κοινωνίας και οικονομίας. Η φιλοσοφία της οργάνωσης του βασίζεται στην ανάπτυξη ενός πλέγματος τριτοβάθμιων σπουδών (προπτυχιακών και μεταπτυχιακών) και ερευνητικών δραστηριοτήτων σε ένα εκτεταμένο νησιωτικό σύμπλεγμα με γεωγραφική δομή Αρχιπελάγους, όπως είναι το Αιγαίο.
Το Τμήμα Γεωγραφίας του Πανεπιστημίου Αιγαίου λειτουργεί στη Μυτιλήνη, στο νησί της Λέσβου. Είναι το πρώτο Τμήμα Γεωγραφίας στην Ελλάδα, το οποίο θεσμοθετήθηκε το 1989 και άρχισε να λειτουργεί το ακαδημαϊκό έτος 1994-1995 ακολουθώντας διεθνείς τάσεις διεπιστημονικής – συνθετικής προσέγγισης του επιστημονικού αυτού κλάδου. Η δημιουργία του Τμήματος ήταν το ώριμο αποτέλεσμα της ανάγκης να αναπτυχθεί η σύγχρονη γεωγραφική ακαδημαϊκή και ερευνητική δραστηριότητα στην Ελλάδα, μια χώρα με πλούσιες ανθρωπογενείς και φυσικές ιδιαιτερότητες που παρουσιάζει σύνθετα αναπτυξιακά και χωρικά προβλήματα, προκλήσεις αλλά και δυνατότητες στα πλαίσια της εντεινόμενης ενσωμάτωσης της στον κοινό ευρωπαϊκό χώρο και στον διεθνή καταμερισμό της εργασίας κάτω από τη δυναμική της παγκοσμιοποίησης.
Στόχος του Τμήματος είναι να προσφέρει ένα ολοκληρωμένο πρόγραμμα προπτυχιακών και μεταπτυχιακών σπουδών στη Γεωγραφία που να παρακολουθεί και να ανταποκρίνεται τόσο στις διεθνείς εξελίξεις όσο και στις ανάγκες και στις ιδιαιτερότητες της μελέτης των χωρικών προβλημάτων στην Ελλάδα, και του ρόλου της στον ευρύτερο χώρο της Μεσογείου και της Ευρώπης. Διαθέτει ένα πλήρες πρόγραμμα προπτυχιακών σπουδών που διαρκώς προσαρμόζεται στις επιστημονικές και επαγγελματικές απαιτήσεις του κλάδου, καθώς και τρία προγράμματα μεταπτυχιακών σπουδών τα οποία προσφέρουν εξειδικευμένες γνώσεις σε διάφορα επιστημονικά πεδία της Γεωγραφίας. Σήμερα έχει 23 μέλη διδακτικού και ερευνητικού προσωπικού (ΔΕΠ), 3 μέλη εργαστηριακού διδακτικού προσωπικού (ΕΔΙΠ), 1 μέλος ειδικού εκπαιδευτικού προσωπικού (ΕΕΠ), 2 μέλη ειδικού τεχνικού εργαστηριακού προσωπικού (ΕΤΕΠ), καθώς και άρτια γραμματειακή υποστήριξη με 3 μέλη διοικητικού προσωπικού. Η διδασκαλία των μαθημάτων υποστηρίζεται και από έναν αριθμό συμβασιούχων διδασκόντων. Οι απόφοιτοι του Τμήματος απασχολούνται σε διάφορους τομείς της ελληνικής κοινωνίας και διεθνώς, ενώ ένας μεγάλος αριθμός από αυτούς εντάσσεται στην ακαδημαϊκή κοινότητα της χώρας καθώς και του εξωτερικού.
Στο Τμήμα Γεωγραφίας λειτουργεί το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο «Γεωγραφία και Εφαρμοσμένη Γεωπληροφορική», το οποίο απονέμει Δίπλωμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Μ.Σ.) στη Γεωγραφία και Εφαρμοσμένη Γεωπληροφορική σε τρεις (3) ειδικεύσεις (πιστοποιώντας παράλληλα επιστημονική επάρκεια γνώσεων πληροφορικής και άλλων συναφών θέσεων ΑΣΕΠ στους κατόχους του Διπλώματος του):
- Εφαρμοσμένη Γεωπληροφορική στην Ανθρωπογεωγραφία και στον Σχεδιασμό του Χώρου
- Εφαρμοσμένη Γεωπληροφορική στη Διαχείριση Φυσικού Περιβάλλοντος και Κινδύνων
- Γεωπληροφορική
Η Γεωπληροφορική αναπτύσσει και αξιοποιεί τεχνολογίες πληροφορικής για τη συλλογή, διαχείριση, ανάλυση, μοντελοποίηση και οπτικοποίηση χωρικών και χρονικών δεδομένων. Σε συνδυασμό με τις παραδοσιακές μεθόδους και τεχνικές ανάλυσης, υποστηρίζει τη σύνθετη και διεπιστημονική ανάλυση ποικίλων φυσικών και κοινωνικών φαινομένων και ζητημάτων, και τη λήψη αποφάσεων για την αντιμετώπιση τους.
Το Π.Μ.Σ. «Γεωγραφία και Εφαρμοσμένη Γεωπληροφορική» μέσω των τριών εξειδικεύσεων και των θεματικών πεδίων του, εκπαιδεύει και στελέχη διαφόρων φορέων του Δημόσιου και Ιδιωτικού Τομέα σε ζητήματα που άπτονται της εργασίας τους και του αντικειμένου του Π.Μ.Σ., προσφέροντας κατά συνέπεια σημαντικό έργο στη βελτίωση της γνώσης τους και κατ’ επέκταση των υπηρεσιών που προσφέρουν στον πολίτη και στην κοινωνία.