Το Τμήμα αναπτύσσει έντονη δραστηριότητα στο πλαίσιο της διοργάνωσης Θερινών Σχολείων, στο πλαίσιο των οποίων νέοι και ώριμοι επιστήμονες, ερευνητές και υποψήφιοι διδάκτορες από όλο τον κόσμο, συμμετέχουν σε state-of-the-art ερευνητικές δραστηριότητες και ανταλλάσσουν καινοτόμες ιδέες και μεθόδους.
Από το 2003 και κάθε χρόνο πραγματοποιείται το Θερινό Σχολείο του Τμήματος Γεωγραφίας (αρχικά στις Λεύκες Πάρου και στη συνέχεια στην Χώρα Νάξου). Από το 2018 φέρει το όνομα «Μανώλης Μαρμαράς» προς τιμή του ιδρυτή του.
Το Θερινό Σχολείο Νάξου 2020 (INNOVIS2020) αφορά το γνωστικό αντικείμενο "Νέες Τεχνολογίες, Καινοτομίες και Ολοκληρωμένη Διαχείριση: Θεωρία, Μέθοδοι και Τεχνικές".
To Τμήμα Γεωγραφίας σε συνεργασία με το ελληνικό τμήμα της European Regional Science Association (ERSA) διοργανώνει το 30ο Θερινό Σχολείο της ERSA για υποψήφιες/υποψήφιους διδάκτορες και νέες/νέους ερευνήτριες και ερευνητές με θέμα "GIS and Regional Science: Theory and Applications". Το Θερινό Σχολείο θα πραγματοποιηθεί 9-15 Ιουλίου 2017 (στα αγγλικά) στη Μυτιλήνη.
Με ιδιαίτερη επιτυχία ολοκληρώθηκε το Θερινό Σχολείο του Πανεπιστημίου Αιγαίου “Training in Landscape Character Assessment Methods and Tools”, που διοργανώθηκε από το Τμήμα Γεωγραφίας, μεταξύ 7 και 12 Σεπτεμβρίου 2015, στις εγκαταστάσεις του Πανεπιστήμιου Αιγαίου και στο χωριό Σίγρι, στη Λέσβο, σε συνεργασία με το πρόγραμμα MEDSCAPES. Το Θερινό Σχολείο απαρτιζόταν από διαλέξεις, εργασίες φοιτητών και παρουσιάσεις μέσα στη τάξη, διαδραστικά εργαστήρια, εκπαιδευτική εκδρομή και εργαστήριο πεδίου, με έμφαση στην αξιολόγηση του χαρακτήρα του τοπίου, την ανάλυση και τη χαρτογράφηση του.
Το Τμήμα Γεωγραφίας του Πανεπιστημίου Αιγαίου και το Τμήμα Μηχανικών Χωροταξίας, Πολεοδομίας και Περιφερειακής Ανάπτυξης του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας σε συνεργασία με το Δήμο Πάρου διοργανώνουν Θερινό Σχολείο στις Λεύκες της Πάρου από τις 27 Ιουλίου μέχρι τις 7 Αυγούστου 2015.
Ολοκληρώθηκαν με μεγάλη επιτυχία οι εργασίες και η αξιολόγηση του Θερινού Σχολείου Νάξου με τίτλο: “Επιχειρηματικότητα, Καινοτομία και Τοπική Ανάπτυξη” που διοργάνωσε το Τμήμα Γεωγραφίας του Πανεπιστημίου Αιγαίου με την ενεργό υποστήριξη του Πανεπιστημίου του Αιγαίου και του Δήμου Νάξου & Μικρών Κυκλάδων. Το θερινό σχολείο έλαβε χώρα στη Χώρα Νάξου στις εγκαταστάσεις του Σχολείου Ουρσουλινών, διήρκησε 2 εβδομάδες (15.07.2013 έως 28.07.2013) και είχε διεθνή συμμετοχή.rnrnΣτόχος του προγράμματος ήταν η συστηματική μελέτη των θεμάτων επιχειρηματικότητας, καινοτομίας, ολοκληρωμένης περιφερειακής οικονομικής και κοινωνικής ανάπτυξης στο πλαίσιο της νησιωτικότητας και στο σύγχρονο περιβάλλον της κρίσης, της παγκοσμιοποιημένης οικονομίας, και των συνακόλουθων κοινωνικο-πολιτικών και πολιτιστικών μεταβολών. Εκτός από τις καθημερινές διαλέξεις, οι φοιτητές που παρακολούθησαν το θερινό σχολείο είχαν την ευκαιρία να συμμετέχουν σε ερευνητικές εργασίες και σε επιτόπιες έρευνες πεδίου, δίνοντας ένα έντονα βιωματικό χαρακτήρα.
Ολοκληρώθηκαν με εξαιρετική επιτυχία οι εργασίες του Διεθνούς Θερινού Σχολείου “Επιχειρηματικότητα, Καινοτομία και Τοπική Ανάπτυξη” που διεξήχθη στο στη Χώρα της Νάξου από τις 15/7/2013 έως τις 27/7/2013. Το Διεθνές Σχολείο οργανώθηκε από το Τμήμα Γεωγραφίας του Πανεπιστημίου Αιγαίου με την υποστήριξη των μελών ΔΕΠ του Τμήματος Αναπλ. Καθηγητή Γ. Κορρέ και Καθηγητή Η. Κουρλιούρου και την ενεργό στήριξη του Δήμου Νάξου & Μικρών Κυκλάδων. Αντικείμενο του θερινού σχολείου ήταν η συστηματική μελέτη των θεμάτων επιχειρηματικότητας, καινοτομίας, ολοκληρωμένης περιφερειακής οικονομικής και κοινωνικής ανάπτυξης στο πλαίσιο της νησιωτικότητας και στο σύγχρονο περιβάλλον της κρίσης, της παγκοσμιοποιημένης οικονομίας, και των συνακόλουθων κοινωνικο-πολιτικών και πολιτιστικών μεταβολών.
Με ιδιαίτερη επιτυχία ολοκληρώθηκαν οι εργασίες του Διεθνούς Θερινού Σχολείου Γεωπάρκων με αντικείμενο «Αξιολόγηση γεωτόπων – Διαχείριση Γεωπάρκων και ανάπτυξη του γεωτουρισμού» που διοργανώθηκε από το Τμήμα Γεωγραφίας του Πανεπιστήμιο Αιγαίου και διεξήχθη στη Λέσβο από 25 Ιουνίου έως 4 Ιουλίου 2013. Κατά τη διάρκεια του Θερινού Σχολείου οι συμμετέχοντες είχαν την δυνατότητα να παρακολουθήσουν διαλέξεις σε θέματα δημιουργίας και ανάπτυξης Γεωπάρκων, γεωδιατήρησης και επικοινωνίας, διαχείρισης προστατευόμενων περιοχών και Γεωπάρκων, αλλά και αξιοποίησης της φυσικής και πολιτιστικής κληρονομιάς.
Με ιδιαίτερη επιτυχία και διακεκριμένους Ευρωπαίους διδάσκοντες, ολοκληρώθηκε στη Μυτιλήνη το Θερινό Εντατικό Πρόγραμμα Διδακτορικών Σπουδών (PhD Summer School) με τίτλο «Μεταβολές στο Τοπίο και στις Χρήσεις Γης (Transitions in Landscape and Land Use» που διοργάνωσε το Τμήμα Γεωγραφίας του Πανεπιστημίου Αιγαίου σε συνεργασία με το FP7 ερευνητικό πρόγραμμα VOLANTE. (Visions Of LANd Use Transitions in Europe http://www.volante-project.eu) στις 12-18 Ιουνίου 2013, στο Campus του Πανεπιστημίου Αιγαίου, στη Λέσβο. Το Θερινό αυτό Πρόγραμμα Σπουδών (Θ.Π.Σ.) απευθύνονταν σε υποψήφιους και νέους διδάκτορες και περιλάμβανε συνδυασμό διαλέξεων, ερευνητικών εργασιών, σεμιναρίων για δημοσιεύσεις σε διεθνή επιστημονικά περιοδικά καθώς και επίσκεψη/ άσκηση πεδίου.